Obi-Wan Kenobi
Maître Jedi de second rang et mentor d'Anakin Skywalker, il va se trouver à enquêter sur de mystérieuses et obscures activités qui se trament au sein de la République Galactique, à savoir le développement d'un Mouvement Séparatiste et la création d'une armée de clones.
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Anakin Skywalker
(futur Dark Vador des épisodes IV à VI)
Disciple du maître Jedi Obi-Wan Kenobi, il est est chargé par le conseil Jedi de veiller à la protection de la sénatrice Padmé Amidala et porte secours à Obi-wan lorsque celui-ci est fait prisonnier par le comte Dooku sur la planète Geonosis.
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Padmé Naberrie Amidala
Ancienne souveraine des Naboo, Padmé est victime de tentatives d'assassinat de la part de la chasseuse de primes Zam Wesell.
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Chancelier Palpatine (Dark Sidious ?)
(futur Empereur des épisodes IV à VI)
Chancelier Suprême de la République Galactique, il met en application et dans le plus grand secret ses sinistres projets en montant une armée de clones dont la finalité cachée est d'éliminer les chevaliers Jedi afin de conquérir la galaxie. Il est également à la recherche de reliques ancestrales qui accentueraient de manière considérable le pouvoir du côté obscur.
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Yoda
Maître Jedi le plus puissant du Conseil Jedi, il sent que quelque chose de grave lié à la montée soudaine du côté obscure de la Force se trame en secret au sein de la République Galactique.
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Mace Windu
Mace Windu est le bras droit de Yoda et s'inquiete fortement de la progression constante du Mouvement Séparatiste qui touche la République.
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Jango Fett
(père du Boba Fett des épisodes IV à VI)
Jango Fett est un chasseur de primes engagé par le Comte Dooku, commanditaire de l'assassinat de la sénatrice Padmé Amidala afin d'éliminer Obi-Wan Kenobi. Pour présever un terrible secret, il tue la chasseuse de primes Zam Wessel sur Coruscant. Par ailleurs, c'est de son ADN que provient l'armée de Clones de Palpatine.
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Comte Dooku (Dark Tyranus)
Ancien Maître de Qui-Gonn Jinn, Le comte Dooku a quitté l'ordre Jedi auquel il ne croyait plus àprès la mort de son ancien élève et a succombé au côté obscur de la Force en faisant la connaissance de Dark Sidious. Il est le leader du Mouvement Séparatiste qui touche la République Galactique.